Alignement d'un ARN sur le génome.
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Alignez la sequence de l'ARN messager TP53.hAug10 successivement sur
les deux fragments d'ADN génomique ci-dessous (provenant des chromosomes 10 et 17).
Utilisez un modèle affine pour les indels avec indelOpen=-100 et indelExtend=-0.05 .
Comparez avec un alignement avec le modèle linéaire (indelOpen=-10).

NOTE: si votre programme ne marche pas vous pouvez quand meme répondre
aux questions en utilisant les executables fournis swDnaAffineLongGaps_ntm et
swDnaLinear_ntm, qui utilisent ces paramètres.


Questions: 
1. Comment interprétez-vous les résultats (chromosome 10 vs 17)?

2. Quel modèle de cout est mieux adapté à ce type de problème, et pourquoi?

3. Si vous avez implémenté l'extension optionnelle 2 (afficher tous les 
alignements optimaux), ou à défaut en utilisant les executables fournis: 
on obtient un fait une vingtaine d'alignements optimaux pour l'alignement 
vs le chromosome 17. Mais on sait par ailleurs que la plupart des introns 
commencent par GT et se terminent par AG.
A la lumière de cette information, analysez plus en détail ces alignements.

[mots-clés: intron / splicing / exon]
 

>mRNA TP53.hAug10, 2271 bp
tgaggccaggagatggaggctgcagtgagctgtgatcacaccactgtgctccagcctgagtgacagagcaagaccctatctcaaaaaaaaaaaaaaaaaa
gaaaagctcctgaggtgtagacgccaactctctctagctcgctagtgggttgcaggaggtgcttacgcatgtttgtttctttgctgccgtcttccagttg
ctttatctgttcacttgtgccctgactttcaactctgtctccttcctcttcctacagtactcccctgccctcaacaagatgttttgccaactggccaaga
cctgccctgtgcagctgtgggttgattccacacccccgcccggcacccgcgtccgcgccatggccatctacaagcagtcacagcacatgacggaggttgt
gaggcgctgcccccaccatgagcgctgctcagatagcgatggtctggcccctcctcagcatcttatccgagtggaaggaaatttgcgtgtggagtatttg
gatgacagaaacacttttcgacatagtgtggtggtgccctatgagccgcctgaggttggctctgactgtaccaccatccactacaactacatgtgtaaca
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tgttccgagagctgaatgaggccttggaactcaaggatgcccaggctgggaaggagccaggggggagcagggctcactccagccacctgaagtccaaaaa
gggtcagtctacctcccgccataaaaaactcatgttcaagacagaagggcctgactcagactgacattctccacttcttgttccccactgacagcctccc
acccccatctctccctcccctgccattttgggttttgggtctttgaacccttgcttgcaataggtgtgcgtcagaagcacccaggacttccatttgcttt
gtcccggggctccactgaacaagttggcctgcactggtgttttgttgtggggaggaggatggggagtaggacataccagcttagattttaaggtttttac
tgtgagggatgtttgggagatgtaagaaatgttcttgcagttaagggttagtttacaatcagccacattctaggtaggggcccacttcaccgtactaacc
agggaagctgtccctcactgttgaattttctctaacttcaaggcccatatctgtgaaatgctggcatttgcacctacctcacagagtgcattgtgagggt
taatgaaataatgtacatctggccttgaaaccaccttttattacatggggtctagaacttgacccccttgagggtgcttgttccctctccctgttggtcg
gtgggttggtagtttctacagttgggcagctggttaggtagagggagttgtcaagtctctgctggcccagccaaaccctgtctgacaacctcttggtgaa
ccttagtacctaaaaggaaatctcaccccatcccacaccctggaggatttcatctcttgtatatgatgatctggatccaccaagacttgttttatgctca
gggtcaatttcttttttcttttttttttttttttttctttttctttgagactgggtctcgctttgttgcccaggctggagtggagtggcgtgatcttggc
ttactgcagcctttgcctccccggctcgagcagtcctgcctcagcctccggagtagctgggaccacaggttcatgccaccatggccagccaacttttgca
tgttttgtagagatggggtctcacagtgttgcccaggctggtctcaaactcctgggctcaggcgatccacctgtctcagcctcccagagtgctgggatta
caattgtgagccaccacgtccagctggaagggtcaacatcttttacattctgcaagcacatctgcattttcaccccacccttcccctccttctccctttt
tatatcccatttttatatcgatctcttattttacaataaaactttgctgccacctgtgtgtctgaggggtg


> human genome portion from 10q23.3 forward strand
gccccctcctaccgccccctgccctgccctgccctcccctcgcccggcgcggtcccgtccgcctctcgctcgcctcccgcctcccctcggtcttccgagg
cgcccgggctcccggcgcggcggcggagggggcgggcaggccggcgggcggtgatgtggcgggactctttatgcgctgcggcaggatacgcgctcggcgc
tgggacgcgactgcgctcagttctctcctctcggaagctgcagccatgatggaagtttgagagttgagccgctgtgaggcgaggccgggctcaggcgagg
gagatgagagacggcggcggccgcggcccggagcccctctcagcgcctgtgagcagccgcgggggcagcgccctcggggagccggccggcctgcggcggc
ggcagcggcggcgtttctcgcctcctcttcgtcttttctaaccgtgcagcctcttcctcggcttctcctgaaagggaaggtggaagccgtgggctcgggc
gggagccggctgaggcgcggcggcggcggcggcacctcccgctcctggagcgggggggagaagcggcggcggcggcggccgcggcggctgcagctccagg
gagggggtctgagtcgcctgtcaccatttccagggctgggaacgccggagagttggtctctccccttctactgcctccaacacggcggcggcggcggctg
gcacatccagggacccgggccggttttaaacctcccgtgcgccgccgccgcaccccccgtggcccgggctccggaggccgccggcggaggcagccgttcg
gaggattattcgtcttctccccattccgctgccgccgctgccaggcctctggctgctgaggagaagcaggcccagtcgctgcaaccatccagcagccgcc
gcagcagccattacccggctgcggtccagagccaagcggcggcagagcgaggggcatcagctaccgccaagtccagagccatttccatcctgcagaagaa
gccccgccaccagcagcttctgccatctctctcctcctttttcttcagccacaggctcccagacatgacagccatcatcaaagagatcgttagcagaaac
aaaaggagatatcaagaggatggattcgacttagacttgacctgtatccatttctgcggctgctcctctttacctttctgtcactctcttagaacgtggg
agtagacggatgcgaaaatgtccgtagtttgggtgactataacatttaaccctggtcaggttgctaggtcatatattttgtgtttcctttctgtgtattc


> human genome portion from 17p13.1 reverse strand
tgaggccaggagatggaggctgcagtgagctgtgatcacaccactgtgctccagcctgagtgacagagcaagaccctatctcaaaaaaaaaaaaaaaaaa
gaaaagctcctgaggtgtagacgccaactctctctagctcgctagtgggttgcaggaggtgcttacgcatgtttgtttctttgctgccgtcttccagttg
ctttatctgttcacttgtgccctgactttcaactctgtctccttcctcttcctacagtactcccctgccctcaacaagatgttttgccaactggccaaga
cctgccctgtgcagctgtgggttgattccacacccccgcccggcacccgcgtccgcgccatggccatctacaagcagtcacagcacatgacggaggttgt
gaggcgctgcccccaccatgagcgctgctcagatagcgatggtgagcagctggggctggagagacgacagggctggttgcccagggtccccaggcctctg
attcctcactgattgctcttaggtctggcccctcctcagcatcttatccgagtggaaggaaatttgcgtgtggagtatttggatgacagaaacacttttc
gacatagtgtggtggtgccctatgagccgcctgaggtctggtttgcaactggggtctctgggaggaggggttaagggtggttgtcagtggccctccaggt
gagcagtaggggggctttctcctgctgcttatttgacctccctataaccccatgagatgtgcaaagtaaatgggtttaactattgcacagttgaaaaaac
tgaagcttacagaggctaagggcctcccctgcttggctgggcgcagtggctcatgcctgtaatcccagcactttgggaggccaaggcaggcggatcacga
ggttgggagatcgagaccatcctggctaacggtgaaaccccgtctctactgaaaaatacaaaaaaaaattagccgggcgtggtgctgggcacctgtagtc
ccagctactcgggaggctgaggaaggagaatggcgtgaacctgggcggtggagcttgcagtgagctgagatcacgccactgcactccagcctgggcgaca
gagcgagattccatctcaaaaaaaaaaaaaaaaggcctcccctgcttgccacaggtctccccaaggcgcactggcctcatcttgggcctgtgttatctcc
taggttggctctgactgtaccaccatccactacaactacatgtgtaacagttcctgcatgggcggcatgaaccggaggcccatcctcaccatcatcacac
