Alignement entre protéines.
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Alignez deux à deux les séquences des sous-unités alpha, beta et zeta 
de l'hemoglobine humaine (HBA_HUMAN, HBB_HUMAN et HBAZ_HUMAN dans uniprot).
[il faut donc faire 3 alignements].
Utilisez la matrice de substitution BLOSUM62 (fournie dans cost.c)
et un modèle affine pour les indels avec indelOpen=-10 et indelExtend=-0.5.

NOTE: si votre programme ne marche pas vous pouvez quand meme répondre
aux questions en utilisant l'executable fourni aliProtAffine_ntm , qui
a été produit en compilant aliProtAffine.c et utilise donc ces paramètres.

Questions:
1. Pour alpha vs beta, comparez vos résultats avec ceux de l'exemple en bas 
de la page suivante (background vert):
http://emboss.sourceforge.net/apps/release/6.6/emboss/apps/water.html
[NOTE: il s'agit de la doc d'un programme appelé "water" qui prétend
être une implémentation de Smith-Waterman, mais le modèle de coût des
indels est affine (impossible avec SW)... en réalité c'est très 
probablement une implémentation d'Altschul-Erickson!]

2. Comment interprétez-vous les résultats de ces trois alignements?
[mots-clés: evolution / duplication / divergence]


Les séquences, obtenues sur http://www.uniprot.org , sont:

>sp|P69905|HBA_HUMAN Hemoglobin subunit alpha OS=Homo sapiens GN=HBA1 PE=1 SV=2
MVLSPADKTNVKAAWGKVGAHAGEYGAEALERMFLSFPTTKTYFPHFDLSHGSAQVKGHG
KKVADALTNAVAHVDDMPNALSALSDLHAHKLRVDPVNFKLLSHCLLVTLAAHLPAEFTP
AVHASLDKFLASVSTVLTSKYR

>sp|P68871|HBB_HUMAN Hemoglobin subunit beta OS=Homo sapiens GN=HBB PE=1 SV=2
MVHLTPEEKSAVTALWGKVNVDEVGGEALGRLLVVYPWTQRFFESFGDLSTPDAVMGNPK
VKAHGKKVLGAFSDGLAHLDNLKGTFATLSELHCDKLHVDPENFRLLGNVLVCVLAHHFG
KEFTPPVQAAYQKVVAGVANALAHKYH

>sp|P02008|HBAZ_HUMAN Hemoglobin subunit zeta OS=Homo sapiens GN=HBZ PE=1 SV=2
MSLTKTERTIIVSMWAKISTQADTIGTETLERLFLSHPQTKTYFPHFDLHPGSAQLRAHG
SKVVAAVGDAVKSIDDIGGALSKLSELHAYILRVDPVNFKLLSHCLLVTLAARFPADFTA
EAHAAWDKFLSVVSSVLTEKYR
